Klinika Endokrynologii Ginekologicznej została ustanowiona w roku 1974 na bazie istniejącego wcześniej Zakładu Endokrynologii Ginekologicznej jako druga taka jednostka w Polsce i weszła w skład Instytutu
Położnictwa i Ginekologii Akademii Medycznej. Pierwszym jej kierownikiem był doc. dr hab. med. Jerzy Teter.
Był on w Polsce jednym z pionierów badań nad układem hormonalnym narządu rodnego kobiety głównie w oparciu
o badania cytohormonalne. W roku 1986 po przejściu na emeryturę doc. dr hab. Jerzego Tetera i po rozwiązaniu Instytutu Położnictwa i Ginekologii kierownictwo Kliniki objął prof. dr hab. n. med. Stanisław Radowicki.
W tym samym roku dokonana została przebudowa strukturalna Kliniki. Utworzono 12-łóżkowy oddział kliniczny wprowadzając nowe algorytmy postępowania diagnostycznego i leczenia zaburzeń hormonalnych u kobiet. Unowocześniono Pracownię Biochemii Hormonów poprzez wyposażenie jej w najnowocześniejszą wówczas w kraju aparaturę analityczną umożliwiającą oznaczanie wielu hormonów sterydowych i białkowych we krwi. Zakupiono nowoczesny aparat ultrasonograficzny tworząc Pracownię Ultrasonografii.
Podjęto, pierwsze w Akademii Medycznej w Warszawie, prace nad komputeryzacją historii choroby oraz obiegu dokumentacji klinicznej. Opracowany model komputerowej historii choroby został wyróżniony w ramach prac innowacyjnych prowadzonych przez Komitet Badań Naukowych. Stworzono nowy kompleksowy model funkcjonowania Kliniki Endokrynologii Ginekologicznej pozwalający łączyć i wzajemnie uzupełniać działania wszystkich składowych Kliniki tj. Przychodni Przyklinicznej, Oddziału Klinicznego, Pracowni Biochemii Hormonów i Pracowni Ultrasonografii. Zastosowane zmiany pozwoliły w sposób znaczący zwiększyć liczbę leczonych chorych.
Wypracowany model organizacji Kliniki umożliwił wprowadzenie światowych standardów w dziedzinie diagnostyki i leczenia zaburzeń hormonalnych u kobiet. Schemat organizacyjny Kliniki, został przyjęty jako rozwiązanie wzorcowe w większości istniejących Klinik Endokrynologii Ginekologicznej w kraju. W 1986 roku opracowano, po raz pierwszy, kompleksowy program nauczania studentów podstaw endokrynologii ginekologicznej.
W tym samym roku opracowano program szkolenia podyplomowego z zakresu endokrynologii ginekologicznej dla lekarzy. Od roku 2001 Klinika prowadzi staże specjalizacyjne oraz kursy z zakresu endokrynologii ginekologicznej dla lekarzy specjalizujących się w położnictwie i ginekologii oraz endokrynologii.
W roku 1999 decyzją Władz Uczelni Klinika Endokrynologii Ginekologicznej została przeniesiona do Szpitala Klinicznego im. Ks. Anny Mazowieckiej. Zwiększeniu uległa baza łóżkowa. Poszerzono
i unowocześniono zakres badań diagnostycznych w zakresie biochemii, genetyki medycznej oraz badań wizualizacyjnych. Wprowadzono do pakietu badań diagnostycznych i leczniczych metody endoskopowi (histeroskopia, laparoskopia). Umożliwiło to w sposób znaczący zwiększyć zakres i jakość badań diagnostycznych oraz metod terapeutycznych stosowanych u kobiet z zaburzeniami hormonalnymi.